尽管在思想和做法上有诸多的不同意见，但在大局上，特别是在蒋介石为首的南京国民政府成立后的最初两年里，蔡元培在总体上，对内而言，在国民党内部争斗中是站在蒋介石集团一边的，对外则是的全力支持“清党”的。
年月日，蒋介石操纵下的南京国民政府成立。蔡元培作为国民党中央监察委员会代表，明确表明立场，反对当时的武汉国民政府。
月日至日，他又与胡汉民、吴稚晖、张静江等，追随蒋介石参加与西北军阀冯玉祥商讨联合清共的徐州会议，并在这年月，促成了南京国民政府同武汉国民政府合并的“宁汉合流”。
当时在南京，有蒋介石控制的“国民政府”和“中央党部”；在武汉，有汪精卫控制的“国民政府”和“中央党部”。另外上海和各地都有一些军阀把持的地方政权，但是主要以南京和武汉，蒋介石和汪精卫为主。
为了实现“合作清党”、“统一党务”，通过一系列酝酿和接触，冯玉祥从中牵线，与各方反复电商，于月日提出解决宁、汉合作的具体办法。汪精卫等表示愿意“和平统一”，同意“迁都南京”。
蒋介石、李宗仁、胡汉民等欢迎武汉重要分子到南京“柄政”，赞成各方“共同北伐”。月上旬，宁、汉双方基本上达成了妥协。
在此期间，由于南京的蒋介石在争权夺利的斗争中处境渐显不利，加之蒋系的国民革命军在徐州战场遭遇失败等原因，蒋介石不得不宣布下野。
蒋介石的政治生涯中曾有三次下野，这是他的第一次下野。
蒋介石的下台促使南京和武汉方面迅速靠拢，月日武汉国民政府迁往南京，南京国民政府同武汉国民政府合并。因南京简称“宁”，武汉简称“汉”，史称“宁汉合流”。
这一期间，蔡元培继续积极地支持蒋介石。蒋介石宣布下野后，蔡元培与胡汉民、吴稚晖等人即联合通电，声明与蒋介石同进退，同时辞职。
在随后的宁汉谈判中，蔡元培与蒋介石的政敌——汪精卫针锋相对，他联合张静江、李宗仁、吴稚晖、李石曾等，以中央监察委员会的名义弹劾汪精卫，指斥汪精卫口是心非、阻碍清共。
蒋介石的下野当然只是一时的权宜之计，他并未失去江浙财团和国民党黄埔系军官的支持。
年月日，国民党二届四中全会上通过恢复蒋介石国民革命军部司令的职务。身为国民党元老的蔡元培即发表拥蒋宣言，他在南京向新闻界说，蒋介石“功在党国，此次再任艰巨，自极赞同。余意蒋先生复职后，必能将所有军队凡立于铲除共党、打倒军阀之旗帜者，结合为一”。
随后，蔡元培又与国民党军政首领们一道去南京车站迎接蒋介石复职，并在欢迎会上发表讲话称，蒋介石“与本党历史甚深”，蒋的复职，“不独北伐可以进展，而一切困难问题，亦可解决。”
那时的蔡元培，对蒋介石还是寄以厚望的。认为无论如何，只有支持蒋这样年富力强的领导者才能完成北伐大业、进而完成统一中国的革命事业。
只是，随着时间的推进，随着蒋介石的种种卑劣行径逐渐浮出水面，蔡元培的思想渐渐发生了变化。看来，他对蒋的认识，总是要有个过程的。
如果说，空前惨烈的清党大捕杀，虽然没有从根本上改变蔡元培对蒋介石的支持，但毕竟埋下了诸多芥蒂。而让蔡元培这样的自由知识分子，更为不满的是蒋介石日益显露出的独裁倾向。渐渐地，蔡元培不再毫无保留地支持蒋介石了。
年月，蔡元培以在国民党《三民半月刊》第卷第期发表《三民主义的中和性》一文，告诫国民党当局在**的同时要谨防出现法西斯主义，明确提出“若口唱三民主义，而精神上不是法西斯，便是波尔雪维克(即布尔什维克)，那就是孙先
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