个人也未曾去过，比如潭柘寺。早就听说先有潭柘寺，后有北京城的说法，他倒可以趁此机会考证一番。
然而，国事却不停的打破他平静的生活。
这一年的11月，发生了德国传教士在山东被杀，德国派兵强占山东胶州湾的事件。
12月，又传来消息，俄舰强行占领旅顺口和大连湾。其他列强也争先恐后，欲在中国谋取特殊利益。
目睹自己的祖国，如同一个待宰的羔羊，蔡元培在自己的日记中气愤地写道：“吾中国近二十年仿范雎远交之策，甚睦于德，近又推诚于俄，不自强而恃人，开门揖盗，真无策之尤也。”
处于朝堂之中的蔡元培，整日见识着清廷当权人物们的昏庸，京中大小官员，在国家和民族生死存亡之际，整日钻营名利，置国难于不顾。他渐渐感到请朝这个政权，已经没什么指望了。
苦闷和失望在一段时间笼罩着他，他的脾气变得很坏。绍兴盛产酒，蔡元培的父母酒量都很大，他也很能喝酒。在这段时间，他在与朋友饮酒后，却常常酩酊大醉。有几次，酒醉后竟对身旁之人破口大骂。
平日里，蔡元培历来以谦谦君子著称，这段时间却变了个人。言及此事，一般人恐难会信，但这却是真的。他在“自述中”也提到过：‘我父善饮，我母亦能饮，我自幼不知有酒戒，……到北京，京官以饮食佂逐为常，尤时时醉。”
传统道德下的读书人，平日里恪守礼仪，酒醉后就难于自控了。长期的忧虑和苦闷，总得有地方宣泄。对蔡元培了解很深的人清楚，他其实是个很豪爽的人。
这一年，他惨加了在保和殿举行的，选拔各省乡试主考官和会试考官的考试。他一如既往，只是他的“怪八股”更加得心应手、炉火纯青。因为获得了会考考官的资格，其六叔蔡铭恩来京应试时，他按例请求回避，以免其叔不能应考。
在维新思想家中，对蔡元培影响最大的是严复。
严复译述的赫胥黎的名著《天演论》，1898年4月出版后9个月，蔡元培便认真地读完这部书，他后来写道：“丁戊之间，乃治哲学。侯官浏阳，为吾先觉。”
是严复等人的新思想唤醒了蔡元培的精神世界。
这一时期的蔡元培，进一步接触了大量近代科学与民主思想著述，在翰林院内，钻研那些被固守封建传统的旧派人士斥为“奇技淫巧”“左道旁门”的西方科学知识。
原因很简单，在这时候的蔡元培看来，中国不是败于“道”，而是败于“术”。就“道”而言，中国传统哲学的深邃精微，世难匹敌；但重道而轻术，导致中国完败于船坚炮利的重术之国，使他不得不转变思路。
蔡元培兼有着中国知识分子的厚重和东南文士的轻灵，他不愿也不屑因循守旧。这从他做文章上也看得出，不是一味地迎合科考，而是独辟蹊径。
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