这些书籍中蔡元培看到的，几乎是一个和以往完全不同的全新的知识天地和全新的世界。
毫无疑问，学习是一种能力，而蔡元培是当之无愧的学习能力超群之人。一个饱学经史的翰林学士，能够静下心来读这些学科广泛，内容生涩的各类书籍，除了学习能力，更有一种内生的动力在激励。
这一时期的蔡元培，对自己的人生进行了全新的思考，认识到：故纸堆再也找不到出路，先前所通行的考据、训诂做学问的路子，根本无法解决现实的问题。
长期传统教育熏陶出的对家国天下的责任感和使命感，使蔡元培不愿再埋头于经史子集这些给他带来功名荣耀的经典。他把头抬了起来，放眼四望。他想扩展自己的知识面，向西方先进国家学习治理经验，发掘救国救民的方略，寻找世界观、方法论上的支撑点。
进入翰林院之前，蔡元培只是一个典型的忠孝节义式的传统知识分子，但国家的惊天之祸袭来，蔡元培的意识开始转变了。
对蔡元培来说，这一年是洗脑的一年，是浴火重生的一年。如同他自己所说：“少酖举业，长溺文词，经沽史法，亦窥藩篱，生三十年，始知不足”，“未尝不痛恨于前二十年之迷惑而闻道之晚”，决意“迷途回车，奚翅炳烛”，“他简直像获得了精神上的新生”。
1896年12月，蔡元培自陆路乘马车回京销假。
1897年的北京，喧嚣着改良的思潮，《时务报》、《新闻报》等连篇累牍的倡扬变法，粤学会、蜀学会、闽学会等在京的各省人士，纷纷发起成立维新团体。很快，公车上书的领军、维新运动的领袖康有为再次来京，多次上书要求变法；标志着这场维新运动，正在从思想酝酿转变为付诸行动。
毫无疑问，蔡元培在思想上是属于维新派。只是，他已经过了特别容易头脑发热的青葱年岁。一个饱学经史又接触涉猎了大量近代科学知识的人，对任何事情都是不会盲从的，都要经过一个独立思考的过程，想一想是否真有道理，是否行得通。
但是，如果仔细观察，还是能发现蔡元培有了特别大的变化。他的北京寓所书房中悬挂着十个大字：“都无做官意，惟有读书声。”
一个刚刚入仕的翰林，已经把功名和利禄放到一边了，此时的蔡元培所热衷的事，是要在知识领域寻找新的天地，为民族的出路找到根本的解决之道。
这段时间，他在仔细研习了《适可斋纪言》四卷，在心得中写道：“其人于西学极深，论铁道，论海军，论外交，皆提纲挈领。批卻导窾，异乎沾沾然芥拾陈言，毛举细故以自鸣者。”
他还通览了驻英公使馆参赞宋育仁撰写的《采风记》五卷，认为“其宗旨，以西政善者都暗含中国古制，遂欲以古制补其未备，以附于一变主道之谊，真通人之论”
与一些慷慨陈词高喊变革的人们不同，蔡元培是在探索改什么，如何去改。表达了他在为改良运动思想探源。
他欣赏对于西学进行融会贯通后做出深刻阐释，鄙薄浅尝辙止的浮泛议论。同样，和有些了解了一点西学就把自己祖国的传统文化说得一无是处的人不同，蔡元培从接触西学之初，就努力在把中西文化相比附相攀援，而不是一定处于相互对立之中。这样的思想风格，对他的一生产生了重大影响。
这一年的初夏，蔡夫人王昭携幼子来京，蔡元培于是搬出会馆，在“方略馆”暂居一段时间后，带着家眷搬入绳匠胡同的一个寓所。
与家人在一起生活总是幸福和快乐，也使得他在京的生活更为安定。每天能抽出时间，和自己的宝贝儿子玩耍，体会到为人之父的天伦，让他的人生更加丰富多彩。
有闲暇时间，他也会带着妻小，到京城一些名胜古迹游玩。很多地方其实他此前一
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