，讨论周震麟所提的“中华民国政府组织大纲”。接着丁蹇动议续开二读会，照组织大纲原案七条通过。
四月十日，广州非常国会依大纲第二条选举大总统，除废票一张和投陈炯明的三票外，孙中山以二百一八票当选非常大总统。
同日非常国会通告全国，孙中山当选为非常大总统：“外交迫切，内乱迭起，北京政府已自承认非法，取消其伪政府资格，中华民国对内对外，皆不可不成立正式政府，特于本日在广州开国会非常会议，议决中华民国政府组织大纲，并依大纲第二条条文，大总统由国会非常会议选举之，以得过投票总数之半者为当选，于本日选出孙文为中华民国大总统，特此奉闻。”
民国十年五月五日，孙中山在广州就任非常大总统，宣布军政府撤销。广州市民数十万人，举行盛大而热烈的庆祝会。
上午八时由国会议长林森持国会当选证书赴总统府向孙呈递，九时半在国会礼场举行授印典礼，由林森议长担任主席。
孙宣誓后，议长林森以大总统印绶付予孙，然后向孙致词：
“改辙易轨，为求治常经，达变通权，尤匡时急务。同人等鉴于军政府之组织，权责不专，遇事瞻顾，至大乱未平，而国本先涣，乃谋彻底之改造制定中华民国组织大纲，选公为大总统，畀以戡乱建设之全权，期早统一民国，再造共和；妥协邦交，实成法治。谋社会幸福，靳永久和平。民国前途，胥公是赖。公其宣达民意，尊重民权，黾勉仔肩，以无负国民重托，斯则同人等所以代表民国而殷殷深致其属望者也。今者受职伊始，谨致中华民国大总统印绶，俾公发号施令，资为符信，公其勉旃！”
孙中山就任非常大总统，即发表对内对外宣言。
对内宣言：“文受国会付托之重，膺中华民国大总统之选，兹当就职，谨布所怀，以告国人。……文既为致力创造民国之人，国会代表民意，复责文以戡乱图治，大义所在，其何敢辞。窃维破坏建设，其事非有后先，政制不良，则政治无术。集权，为自满清以来之秕政，今欲解决中央与地方永久之纠纷，惟有使各省人民完成自治，自定省宪，自选省长，中央分权于各省，各省分权于各县，庶几既分之民国，复以自治主义相结合，以归于统一，不必穷兵黩武，徒苦吾民。至于重要经济事业，则由中央积极担任，发展实业，保护平民。对于外交，由中央负责，根据民意，讲信修睦，维持国际平等地位，保障远东永久和平。”
对外宣言：“自一九一七年六月，非法解散国会，北京已无合法政府存在，国会为全国各省各区惟一合法代表机关，因是组织政府，举文为中华民国大总统。文为建设民国之人，不能坐视民国危急之秋，自惜其力，不加援手。今决意殚竭能力，忠诚奉职，俾我国民，咸获满意焉。……文之第一职务，在统一民国各省各区，置诸进步修明之政府管理之下，尊重列强依条约及成例，正当取得之合法权利。全国最大之资源，悉予开发，抱开放门户主义，欢迎外国之资本及技术。”
孙中山这两个宣言的精神，乃以地方自治、和平统一、开放门户、发展实业四事昭告中外。
孙中山就任大总统后，立即发布人事命令：
外交部长伍廷芳
次长伍朝枢
财政部长唐绍仪
次长廖仲恺
陆军部长陈炯明
内政部长陈炯明兼
海军部长汤廷光
参谋部长李烈钧
秘书长马君武
总参议兼文官长胡汉民
政治部长胡汉民
并任命居正为参议，兼理国民党本部事务。
孙中山虽极端不满陈炯明的作风，可是组织政府时仍然把两个重要职务，陆军
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