晋成帝即位后，庾亮将司马宗调离皇宫。司马宗对此颇有怨言，并且不满外戚专权。而这时有人告司马宗谋反。庾亮马上把司马宗抓起来杀了。这事牵扯到一大批司马家族的人，或杀或关或贬。当时出现流言认为庾亮要铲除王室。
晋成帝对庾亮清洗朝堂一无所知，有一天问庾亮：那个白头翁怎么见不到了。他是指司马宗。庾亮说因为谋反被处决了。晋成帝哭了，说：舅舅说他谋反就把他杀了。要是别人说你谋反该怎么办呢？庾亮无言以对。
看来这个谋反罪缺少让人信服的证据，只有一个人告发而已，很可能是“莫须有”。庾亮草率行事引起别人疑心和恐惧也是可以理解的。
庾亮杀完司马宗又要杀苏峻。
苏峻在永嘉之乱时把流民组织起来成立保乡团，后来被东晋招安为将军。平王敦之乱时，苏峻也出过力，因功被封为江北军事长官。他手下有精兵万人，实力很强。
苏峻跟司马宗关系很好，并且有些军阀作风，对朝廷也不大顺从。这让庾亮不能容他。庾亮认为苏峻终究是个祸患，想除掉他。
庾亮召苏峻入朝为官，想先解除苏峻的兵权再杀掉他。他任命苏峻为大司农，负责国家财政。苏峻说我是武将，让我领兵打仗没问题，让我去管财政实在是勉为其难了。但是庾亮坚持要调他进京。苏峻对庾亮起了戒备之心，说什么也不肯进京。
庾亮大怒，派人警告苏峻：你抗旨不尊将会招来牢狱之灾。苏峻不在乎，说宁可站在山头看牢狱也不愿站在牢狱看山头。
双方把话说到这个份上就算是摊牌了。
庾亮决定派兵讨伐苏峻。群臣劝他不要这样做，担心逼反苏峻惹祸上身。庾亮不听。他认为苏峻早晚都得反，早反要比晚反好。正所谓当年晁错劝汉景帝削藩时所说，早反祸事小，晚反祸事大。
庾亮的性格和做事风格跟晁错一样，也给东晋引来不亚于七国之乱的祸事。
群臣怎么劝也劝不住，只好出主意告诉他应该怎么怎么打，尤其是在出兵之前先要做好防守，尤其要派兵守住长江渡口，防备苏峻渡江偷袭。在京城周边驻守的将军也主动要求带兵进京护卫。庾亮一概不听。他不相信苏峻敢主动进攻都城。
庾亮在京准备讨伐苏峻。苏峻也没闲着，联络祖约跟他一起讨伐庾亮。
祖约一直战斗在抗胡第一线。他受到石勒攻击时请求朝廷增援，朝廷没有搭理他，是苏峻出手相救帮他赶走石勒。他对朝廷心怀怨言，认为朝廷抛弃了他和他的将士们，想让他们自生自灭。苏峻以诛杀庾亮的名义对抗朝廷。祖约投桃报李派兵助战。
苏峻率军杀往建康。
苏峻驻守江北历阳（安徽巢湖和县），和健康也就是一江之隔。
苏峻带队渡过长江，直攻健康。庾亮匆忙组织起来的防线都被苏峻击溃。苏峻很快便打到建康城下。庾亮只好亲自带兵迎战。结果军队还没有排成阵型就都跑散了。庾亮无计可施只好逃之夭夭。苏峻于是占领了健康，挟制了皇帝，控制了朝廷。
苏峻把百官痛打一顿后发配他们去服劳役，让自己的亲信填充朝廷。他把国库挥霍一空，只留下数石白米给小皇帝充饥。庾太后忧惧成疾，一命呜呼。
庾亮到处搬兵勤王，凑了四万军队反攻建康。各地勤王之师也陆续向建康汇拢。
苏峻四处出击左支右绌，双拳难敌四手，最终只能收缩防守。苏峻放弃建康退守长江要塞石头城。他跟东汉的董卓一样裹胁着小皇帝和百官跟他同行。苏峻依据石头城对抗勤王军队。石头城进可攻退可守。勤王军队一时攻城不下。
后赵得知东晋内乱趁虚而入，向祖约驻守的寿春发动进攻。祖约分兵之后兵力薄弱，受到后赵进攻后很快崩溃。祖约放弃寿春
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