时值日本大正时期。传说太阳下山后，有恶鬼出没吃人，亦有猎鬼人斩杀恶鬼、保护人们。
卖炭少年灶门炭治郎，他那平凡而幸福的日常生活，在家人遭到恶鬼袭击的那一天发生了剧变。母亲与四个弟妹惨遭杀害，而与他一起生还的妹妹祢豆子亦异变成凶暴的鬼。
为了为家人报仇雪恨，也为了让变成鬼的妹妹重新恢复成人类，灶门炭治郎在猎鬼人的指引下，与尚存理性的妹妹踏上了旅途。
经过两年艰苦的剑技磨练与赌命试炼，灶门炭治郎与妹妹祢豆子，成为了猎鬼人组织的“鬼杀队”中的一员。
………………
鬼杀队，是拥有数百名队员，未被政府认可却已经存在了许久的古老组织，自古被称为“猎鬼人”，已经存在了千年之久。
起初“鬼杀队”是以讨伐存活千年以上的鬼之始祖——鬼舞辻无惨为最终目的而成立的组织，千年以来一直在不断讨伐着无惨及其手下的诸鬼，守护着人们的生命安全。
大约400余年前的战国时期，在以继国兄弟为首的一批使用起始呼吸·日之呼吸的剑士的活跃下，鬼杀队成功将鬼舞辻无惨逼入了绝境。但由于继国严胜中途背叛了鬼杀队而投靠了无惨，化身为了剑之鬼——“黑死牟”，导致其弟弟继国缘一不得不令无惨逃脱，而鬼杀队针对无惨的围剿计划也功亏一篑。
虽然令无惨逃脱，但是继国缘一带来的呼吸法使得鬼杀队拥有了一项对付鬼的利器。虽然无法使用日之呼吸，但鬼杀队的其他柱还是以日之呼吸的原理为基础，创造了「水」、「雷」、「炎」、「岩」、「风」五大基础呼吸法。
在此之后，鬼杀队的成员们又根据这五大基础呼吸法创造了「花」、「蛇」、「霞」、「恋」、「音」等多种多样的派生呼吸法。呼吸法的出现使得鬼杀队的实力大增，并在与鬼的战争中逐渐取得了优势。
在1868年的明治维新之后，因为武士阶级被政府取缔，武士刀被禁止，且由于组织并未被政府承认，所以鬼杀队队员不能再在大庭广众之下携带日轮刀行动，只能在暗中完成灭鬼的任务。
鬼杀队曾多次遇到濒临覆灭的危机，因此400多年前流传下来的许多信息（如斑纹）因此中断。
组织构成为干部与一般队员。
干部，鬼杀队高层由产屋敷家族的当主一人，和最高阶的“柱”级干部队士九人组成。柱合会议是由当主主持的，由全体柱成员一同参加的决策会议，一般重大的事情都会在这个会议上宣布。
一般队员，分为甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸十个阶级。新队员在接受分散各地的培育师训练后，通过“最终选拔”——在囚禁着鬼的藤袭山待上7日并生还，即可入队。每名队员都会配发队服和日轮刀，并通过会说话的“鎹鸦”进行联络以及传达讨伐鬼的任务。
大正时期的鬼杀队，也就是灶门炭治郎成为鬼杀队的一届剑士，鬼杀队拥有着除最早一批武士外最强的九位柱级剑士。
水柱——富冈义勇
虫柱——蝴蝶忍
炎柱——炼狱杏寿郎
音柱——宇髄天元
恋柱——甘露寺蜜璃
霞柱——时透无一郎
蛇柱——伊黑小芭内
岩柱——悲鸣屿行冥
风柱——不死川实弥
再加上实力足以匹敌“柱”级的灶门炭治郎、我妻善逸、嘴平伊之助、栗花落香奈乎等人，这一届的“鬼杀队”是即四百年前最初武士之后，最强的“鬼杀队”。
而鬼舞辻无惨同样不想被动的任人宰割。在千年时间，靠给人注入他的血液，鬼舞辻无惨孕育而出众多大小鬼，其中以上弦六鬼与下弦六鬼合称的“十二
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