而远之。特别是看到有些新派人士，一旦身据高位，便目空一切，不可一世，让他觉得这些人“不足以当大事”。
他在《自写年谱》这样写道：“康有为氏与谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭诸氏被任用，励行新政，我虽表同情，然生性不喜赶热闹，未尝一访康氏。我与梁氏虽为乡试同年，但亦未与见面。”
其二，蔡元培总是隐隐感到，这种用上层政治斗争改变国家命运的策略并不是拯治国家的一付回春妙药，在他看来，中国的问题是深入骨髓的。“不先培养革新之人才，而欲以少数人弋取政权，排斥顽旧，不能不情见势绌”，这是蔡元培肚子里的想法。
他认为这些维新变法的志士们并没有建立起什么群众基础，而只想凭一己之力、少数精英的奋斗，用最省事儿的办法、最小的代价，动点儿小小的外科手术，就想给中国来个改天换地，这是很不现实。
有记载，新政期间，诏开“经济特科”，选拔“洞达中外时务”之特殊人才。蔡元培因供职宗人府的同乡葛宝华的荐举，而被传去应试。这应该是蔡和维新派唯一的关联。
但无论如何，维新派是在救国救民，出发点和落脚点都是好的。当“戊戌六君子”血洒菜市口的噩耗传来，蔡元培在目睹政治斗争的残酷的同时，也看清楚了清王朝的掌权者丑恶嘴脸。
君君臣臣，父父子子，所谓纲常有道。以往，蔡元培虽对朝政多有不满，但往往认为是臣工昏庸和不作为。眼见最高的统治者只顾自己的既得权位，置国家和民族的利益予不顾，而冥顽到了极点。这让蔡元培对这个君、这个王朝彻底失望了。
戊戌变法和新政如同一场春梦，在腥风血雨中烟消云散。往昔热心维新的友朋已作鸟兽散，就连做事稳健的好友张元济也被革职出京。
蔡元培再也没有心思在北京当官了，断然于1898年秋天离开北京南归。蔡元培这种举动，很容易让人怀疑他是康梁同党，但他丝毫不作辩解。
此行，其实是在和他一直以来走的仕途之路的告别之旅。
经过十天的行程，1898年10月26日，蔡元培和家人从京城回到了阔别多年的绍兴老家。
深秋时节，比起秋风瑟瑟，一派萧杀景象的京城来，家乡显得格外温馨、平静、怡然。
蔡元培家住的笔飞仿是有故事的。传说书法大家王羲之曾住于此处，有一老姬，不厌其烦常来此求王羲之题扇面，后要到处炫耀。有一次，王羲之实在是不耐烦了，竟将笔随手抛出。笔却一飞冲天，笔飞仿便是来源于此。这故事听起来很像是神话，但附近有戒珠寺，山门内有王羲之的塑像，据说这寺先前曾是王羲之的宅院。
蔡元培站在笔飞仿自家庭院中，四周的一切似乎依旧是老样子，唯独那块悬挂在门庭上方的“翰林第”匾额，好像在提示主人在这里曾经经历过的荣耀与辉煌。
然而，耀祖光宗的记忆在闯荡大千世界和领略新学新知后，早已失去了原有的华彩。四年京官生活的风风雨雨，差不多也荡尽了仕途腾达的残梦，所余下的只有那纯属于自己的书生本色。
路在何方？自己今后的人生之路当如何去走？
回顾了他所接触的新知对他产生的强烈冲击，他感到，只有千千万万的中国知识分子具备他这样对世界的认知，具备全新的思维，在灵魂深处来一场革命，从意识上改造中国人，才可能从根本上改变中国的国是。
此时此刻，荣耀脑际多时的投身新教育的念头，变得清晰而强烈。这是自身特长和兴趣之所在，这也是目睹维新党人惨烈失败后，他所认定的一条报国之路。
还真机缘巧合，机会很快来了。
绍兴作为文化重镇，在这个时期理所当然的也受到甲午战争后维新思潮的冲击
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