，以军务院名义行之。
第三条军务院置抚军，无定员。以抚军议决或同意行其职权。抚军以各省都督或护理都督、全省以上联合军都司令、都参谋及各独立地方成军有二师以上之军总司令任之。凡新取得前项资格者，同时取得抚军资格。
第四条军务院由抚军互选抚军长、副长各一人。抚军长执行抚军议决及同意之事项。抚军得赞襄抚军长协理一切。抚军长有事故时，副长摄行职权。抚军长、副长俱有事故时，得公推抚军代摄行职权。
第五条军务院置政务委员会，由抚军互选一人领委员长。设各种委员，无定员，分掌外交、财政、军政、法制各项政务。
第六条军务院置各省代表会，由各省都督各派二员列席，以备咨询。
第七条军务院置秘书，无定员，承抚军长、副长、政务委员之命，掌管机要事宜。
第八条军务院遇有关于对内、对外特别重要事宜时，由抚军之合议或同意得特任专使处理之。
第九条军务院所属各种委员会、各省代表会组织细则，以院代定之。
第十条军务院自国务院依法成立时撤废之。
原来拟议中的抚军长是岑春煊，其后决定推唐继尧。因为云南唐继尧是护国首义之人，又是实力派，由唐继尧为抚军长更合适些。这样，岑春煊便出任副抚军长。
军务院设于肇庆，唐继尧远在昆明，便由岑春煊以副抚军长代理抚军长。并推刘显世、陆荣廷、龙济光、梁启超、蔡锷、李烈钧、陈炳焜为抚军。
抚军资格规定为独立各省都督及军长以上的实力派，梁启超则是特殊的例外，是实力派以外的人。因为是倒袁的首创者，又是护国精神领袖蔡锷的老师，所以他很自然地成为军务院中的政务委员会委员长。
军务院直隶大总统，这里所谓的大总统当然不是袁世凯。大总统不能施行职务时，由军务院代行，军务院置各省代表会，由各省都督派代表二人列席。以唐绍仪为外交代表，王宠惠和温宗尧为副代表。
唐继尧遥任抚军长后，通电中外，略谓“迫于时艰，勉膺重任，谨掬血诚，誓以公心效忠国事，一俟大难削平，即当退避贤路。”
蔡锷是反对设立军务院的，当五月初旬两广筹组军务院时征求滇、黔意见，蔡即复电认为目前只须迫袁退位，而由段祺瑞出面主持。“不宜组织政府，致招争权夺利之嫌，而启南北分裂之渐”。
蔡锷的想法和当年朱元璋“缓称王”的思想是相通的。是想明白的告诉世人，他们大家挺身而出反对袁氏称帝，是为了捍卫共和，为了护国，而不是为争权夺利。
军务院成立后，发表第一号宣言
“中华民国大总统领海陆军大元帅一职，依法应由副总统黎公继任，已由本军政府宣言在案。但黎公今方陷贼围，未克躬亲职务。查《大总统选举法》第五条第二项云大总统因故不能执行职务时，以副总统代理之。副总统同时缺位，由国,务院摄行其职。今大总统身体蒙难，副总统职尚虚悬，国务院又非俟大总统任命，经国会同意后，不能组织。
“而军事正亟，既当求统一之方，至国运方新，尤宜作通筹之计。今由继尧等往复电商，特暂设一军务院，直隶大总统，指挥全事，筹办善后。军务院置抚军若干人，用合议制裁决庶政。其对外交涉，对内命令，皆由本院名义行之。俟国务院成立时，本院即当裁撤。除将军务院组织条例别行公布外，特此布告中外，咸使闻知。”
军务院各首领就任宣言
“北京黎大总统，云南、贵州、南宁、广州、杭州都督府，泸州护第一军总司令部、南宁护第二军总司令部及护各地前敌总司令，各省将军、巡按使、巡阅使、镇守使，各师旅长，各道尹县知事，暨两广各团
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