），黎元洪由北洋水师提督丁汝昌调赴广东广甲舰，充当三管轮。负责巡视琼崖、虎门、汕头，管理机器开关、拆洗及保养事务，兼管储料生火诸事。
他勤于职司，大多数时间都在南方沿海进行巡视。光绪十七年（一一年）秋，黎元洪经北洋大臣李鸿章保奏、清廷批准先后从把总晋升为千总。由六品顶戴赏换五品顶戴。
光绪二十年（一四年），中日甲午战争爆发。黎元洪所在的广甲舰被抽调编入了由海军提督丁汝昌率领的北洋舰队来参战。
广甲舰是铁肋木壳船体，平时为教练及安放鱼雷之用，较之日人的钢甲兵舰的威力相差甚远，对于猛烈的海战自然很难抵挡。
在九月十七日的黄海战役中，广甲舰触礁搁浅以致未能行驶。为躲避日军的追捕，黎元洪跳海得以逃生。及此，黎元洪结束了为期十二年的海军生涯，告别了曾尽心效力的北洋水师。
光绪二十二年（一六年），张之洞回任湖广总督。黎元洪应张之洞之召随同回到湖北家乡，在湖北枪炮厂负责监制快炮，从此结束二十余年的北漂生活。
张之洞到湖北后继续编练新军，加强军事建设。湖北新军的营制仿德制，张之洞任黎元洪为护军后营帮带，五品顶戴尽先补用千总；后又以黎擅骑术，任为马队管带。
在湖北护军编练取法上，随着形势的变化，张之洞认为日本与中国同种、同教、同文、同俗，而且军事变革已经初见成效，所以中国想要学习欧美各国的军事制度，应该先以日本为阶梯。
遂从学习德国转而师法日本，光绪二十四年（一八年）、二十五年（一九年）、二十七年（一九零一年），在湖北当差的黎元洪受张之洞委派，先后三次到日本留学考察军事教育和观摩仙台大操。内容涉及各个方面，黎元洪逐步充当了清末军事现代化风潮的地方军制改革的先锋。
黎元洪每次考察回国后都写下日本军事考察报告送呈张之洞检阅，引起了张之洞的极大兴趣。学习考察后归来的黎元洪颇得张之洞赏识和倚重，被提拔为各营教练官，又兼训新兵，成为编练湖北新军的高级将官。
二十世纪初，清政府又开始推行清末新政，湖北开各省风气之先，加紧施行。黎元洪奉命协助办理将绿营、防营结束后，又增招新兵，扩充武备学堂设备。在日本所学的西式教育的洗礼下，黎元洪的军事思想开始进入了湖北最高军事决策层的视野，并付诸实践。
张之洞先后多次采纳黎元洪的军事改革建议一是规定水陆各营所辖兵勇凡遇有重大过犯者，均交执法官审讯，不得擅杀；
二是将武备学堂及防营将弃学堂合并改为武高等学堂，另设武普通中学堂。前者为张之洞军事学堂体系中的高等军事教育机构，后者为中等军事教育机构。武高等学堂程度与日本陆军士官学校相等，为武普通中学堂毕业学生升学之地，为湖北乃至全国培养了大量军事近代化所需的人才。
三是湖北省会开办警察，从各营选拔优秀士兵进行训练后充任。因在军事实践中表现突出，黎元洪的仕途平步青云。
从光绪二十二年（一六年）到宣统三年（一九一一年）的十五年间，黎元洪一直在湖北担任重要职务训练新军，他知兵爱兵，和新军战士结下了深厚的感情。与此同时，随着湖北革命力量的渗入，他所带领的陆军第二十一混成协集结了大量共进会、文学社等革命团体的力量。
他不是革命党，也不赞成革命。有说在武昌起义后，他为了自保还亲手杀过起义的士兵。
当瑞澂逃走，督署被占，革命军炮轰其司令部时，他吓得跑到黄土坡。换上便衣，躲在参谋刘文吉家中。
起义人员把他搜出，请他担任都督，他坚决不干。他虽然对清廷的腐朽统治不满，但还不想背叛朝廷。
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