仲玉病逝，年之后，蔡元培与周峻走进婚姻的殿堂。
周峻与蔡元培的大女儿蔡怀新，是物理领域的杰出人才，毕业于交大物理系，曾经在复旦大学担任物理学教授。蔡怀新出版的《基础物理学》受到国际社会的广泛认可，她在物理学领域赢得了许多赞许的目光。
周峻与蔡元培的儿子蔡英多是典型的实干派，他醉心于航空事业，将自己的半生都奉献给了沈阳航空发动机集团。
小女儿蔡睟盎同样对物理学研究充满热情，她曾经在中科院做相关研究，是中国物理界不可多得的人才。
每个父亲，都有最钟爱的儿女，蔡元培也不例外。在其儿女中，他最喜欢的当属大女儿蔡威廉。
其幼女蔡睟盎曾回忆道“本来父亲是计划从香港出发，转道越南，从陆路去昆明，和大姐会合。”
然而，蔡威廉却在年因病于昆明英年早逝了。
蔡威廉病逝的消息，周峻根本就不敢告诉丈夫。她和女婿商量好，每次写家信仍落款“威廉附笔请安”的字样。甚至于，周峻连子女们也没有告知，只是让蔡睟盎脱掉了红色的鞋。
可是蔡威廉已经是个名声在外的画家了，她去世的消息不可能只是一桩家事。果然，没过多久蔡元培就在一张昆明的报纸上读到了一则新闻，上面写着“女画家蔡威廉追悼会、遗作展”。
世上最伤心事莫过于白发人送黑发人，爱女蔡威廉的早逝对蔡元培打击是沉重的。他以悼念亡妻的习惯性模式，写了一篇文章《哀长女蔡威廉文》。
年月日清晨，蔡元培在寓所起床时，倏觉头晕目眩，失足仆地，口吐鲜血。
家人急召医生诊治。由于这一天是星期天，商务印书馆特约西医朱惠康至中午才赶到。后来，玛丽医院内科主任凌医生也应请前来会诊，疑为胃疾，建议住院治疗。
翌日，由周夫人和朱医生侍伴，送蔡元培过海到跑马地香港养和医院救治。
抵达医院不久，蔡元培即大量排血，陷入昏迷状态。虽然中外医师悉心救治，施以输血等措施，但蔡元培终以年高体弱，于月日时分与世长辞，终年岁。
后来医生推断“其摔倒在地，伤及内部，导致胃瘤出血，乃不治之因。”
当诊治医生互相争辩，试图将蔡元培从死亡线上拉回来时，他却对自己的生死并不看重，只管喃喃自语。
因说话模糊不清，身边照顾他的周新（蔡元培内侄）只是零星地听见，“世界上种种事故，都是由于人们各为己利。……我们要以道德救国，学术救国……”
这便是一代大师留在尘世最后的言语。
一位名人说过，在这个世界上，有的人是不会死的，因为他的精神永存。
蔡元培当属于这样的人。
蔡元培在香港病逝，引起全国各界人士的震惊和痛惜。月日，蔡元培遗体在香港摩理臣山道福禄寿殡仪馆入殓，香港各界敬送挽联。
国民党中央海外部部长吴铁城代表国民党的最高领袖蒋介石主祭，前往致祭的各界人士有余人。
同日，润之先生和**中央也分别发来唁电，润之先生在唁电中称蔡元培为“学界泰斗，人世楷模”，**中央称蔡为“老成硕望”“勋劳卓著”，对他的逝世深表哀悼。
随后，在中国的西南大后方、西北的延安以及海外，军政、教育等各界人士举行了隆重的纪念活动。
月日是出殡的日子，香港前往执绋者竟达余人。
蔡元培的灵柩最后被安葬在香港岛南端的香港仔华人永远墓地。
墓前立着京师大学堂校友叶恭绰所书碑刻“蔡孑民先生之墓。”
全国各界人士纷纷举行了悼念活动，多家报刊载文赞誉他的功德，各主要党派
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