尊孔与信教自由相违”，主张用民主共和的世界观教育和美感教育来代替，这就破除了两千年来中国传统的封建教育两条不可动摇的信条，体现了辛亥革命的伟大成果和民主精神，具有革命性的意义。
军国民主义和实利主义要求注意军事和实业。
蔡元培说:“夫军国民教育者，与社会主义侯驰，在他国已有道消之兆。然在我国则强邻交逼，亟图自卫，而历年丧失之国权，非凭借武力，势难恢复。且军人革命以后，难保无军人执政之一时期，非行举国皆兵之制，将使军人社会，永为全国中特别之阶级，而无以平均其势力。则如所谓军国民教育者，诚今日所不能不采者也。……
“我国地宝不发，实业界之组织尚幼稚，人民失业者至多，而国甚贫。实利主义之教育，固亦当务之急也。”
这是清末富国强兵思想的继承和发展。
在公民道德一条，他要求以法国革命所崇尚的自由、平等、博爱作为道德的要旨。
1912年2月12日，清帝退位，第二天，孙中山宣布辞去临时大总统。随后的2月15日，南京的民国参议院如约推举袁世凯为临时大总统。
南方方面对袁世凯最大的疑虑是其能否真正维护中国的共和政体，于是向袁开出了三个条件：临时政府首都设在南京；新总统应到南京就职；新总统必须遵守《中华民国临时约法》及相关法律章程。
而“欢迎”袁世凯到南京就职的艰重任务被分派给了蔡元培，他被委任为“迎袁专使”，与外交次长魏宸组、海军顾问刘冠雄、法制局长宋教仁以及汪精卫等一批南京临时政府要员一同北上，以示隆重。
袁世凯清楚地知道南方临时政府的意图，知道他自己一去南京，就将受制于革命党人，所以是绝不会轻易就范的。这时，各国的列强也反对中国把首都南迁，怕损及他们的在华利益，他们支持袁世凯，这样他们的在华特权将会被最大限度地保全。
这不是一个风光的差使，蔡元培自己也知道，“此行人人知不能达成目的”。朋友们纷纷劝他辞去这个任务为佳。但是蔡元培说，“我不去，总须有人去，畏难推诿，殊不成话”。
果不其然，蔡元培一到北京，有许多所谓的“人民团体”找上门来，向南方临时政府代表团“请愿”陈情，说首都不能南迁、袁世凯不能离开北京，否则会发生社会动乱。
不久，在北京的一些军官和士兵“真的”发生了“兵变”，一时间满城风雨，似乎北方的局面非袁世凯留在北京不能控制。其实，这些都是袁世凯和他的手下指使的，为的是搅乱局势，向身处北京的蔡元培等南方代表示威，也向南方临时政府施加压力，制造留在北京的堂皇理由。
肯定的说，和袁世凯这样的政客玩手段，耍阴谋诡计，蔡元培这样的书生肯定不是对手。但如果说，作为南方专使的蔡元培，一点也没有发现这袁世凯背后的这些小动作，也未必是事实。当然，也肯定不像外间人以为的那样，蔡元培为袁世凯的种种手段所蒙蔽，以至于后来主动帮助袁世凯达成其心愿。
蔡元培对袁世凯其人还是有他自己的看法的。
辛亥革命起事八天后，他有一封信给吴稚晖。
这时，他已从德国报纸上得知，清廷启用久经罢黜的袁世凯重掌军政大权，他在信中，特别提到清廷启用袁世凯这件事，并发表他自己的见解。
蔡元培说，听了这个消息，使他对于革命前途“之十分乐天观，生一顿挫”。他继续写道：“弟以为袁世凯者，必不至复为曾国藩，然未必肯为华盛顿，故彼之出山，意在破坏革命军，而即藉此以自帝。”
也就是说，蔡元培判断袁世凯其人，绝不会像曾国藩那样基于礼教思想而效忠清廷到底，但也没有美国的国父华
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