中西学堂里首先学到的一件不可思议的事是地圆学说。我一向认为地球是平的。后来先生又告诉我，闪电是阴电和阳电撞击的结果，并不是电神的镜子里发出来的闪光；雷的成因也相同，并非雷神击鼓所生。这简直使我目瞪口呆。
“从基本物理学我又学到雨是怎样形成的。巨龙在云端张口喷水成雨的观念只好放弃了。了解燃烧的原理以后，我更放弃了火神的观念。过去为我们所崇拜的神佛，像是烈日照射下的雪人，一个接着一个融化。这是我了解一点科学的开端，也是我思想中怪力乱神思想的结束。“
可见当时的中国，科学知识方面的落后，也足以证明，蔡元培正在进行着的事业是何等的伟大。
鉴于当时学堂教术不一，课本不定。蔡元培模仿外国学堂评议之例，于1899年11月发起组织绍兴府学堂学友会。集合有志之士，推动绍兴地区的教育改革。
学友会相约，凡“已通国文溥通学，而究心教术，不沾沾于利禄者”，均引为同志。
规定学友权责为
一、对学堂办事授业章程“有欢成纠正之责”；
二、学友有志学习算学及外国语者，可住学堂，并可不付膳金，但须为学堂编写教科书，或任检束学生之责；
三、住学堂的学友须以每月15日在学堂集议，无论远近，都须到会；
四、学友住学堂而自愿编写教科书，书成，经各学友评议，足为善本者，即由学堂出资付刻，但仍署编者名。
这注定是个做大事的人。在任绍兴中西学堂总理的两年里，蔡元培不仅仅是在努力做个称职的校长，还时刻关心着整个绍兴地区，乃至放眼天下，心系浙江、全国的教育。
同年12月，蔡元培撰写《绍兴推广学堂议》一文，努力宣传其教育救国的主张。
指出“由今之道，毋变今之俗，虽荟千圣之粹言，胪五洲之良法，为拙御易车，为拙庖更刀，必无济矣。且今天下志士，所抵掌奋谭，为保国强种之本者，非学堂也哉。”
他呼吁绍兴所属八县改变各自为政的做法，筹集绍兴八县公款，统一兴办学校。在府城设高级、中级学堂各一所，各县城均设一初级学堂，为本省和全国的教育改革树一模范。
但是，革新的路不会是平坦的。在中西学堂的校长任上，时间一长，蔡元培这位翰林校长就几乎快把旧派人士们全给惹恼了。
中西学堂里所聘用的教授西学的教员，如马用锡、杜亚泉、胡道南等人，由于受西方思想影响，常常会在课堂上向学生们灌输“民权”、“女权”等当时世界上的流行的思想和主张。对“君尊民卑”“男重女轻”等传统观念大加驳斥，有时甚至激烈地主张革新政治、改良社会。这样一些言行，很自然的引起校内另外一些传统守旧派教员的强烈不满，新旧思想的碰撞是不可避免的。
比如，每天午餐饭桌上，学堂的教员们聚在一起难免谈及社会风俗和当下的时政。这时，新派的教员就显得人多势众、气势嚣张，他们既冲动而又富于激情。相较之下，传统派的教员就显得势单力薄，拙于应对，每每在和新派教员的辩论中居于下风，在学生面前也就大失面子。
面对新派的嚣张气焰，守旧派的教员们很不甘心，他们认为这是由于蔡校长引进新课目、纵容新风气导致的结果。便跑去向校董徐树兰告状，寻求支持。
徐树兰虽然是个开通之人，但在总体上还是倾向传统派的。对学校的情况不能说完全不知情，也不能没有自己的看法，只是碍于蔡元培是自己请的，又那么努力的做事，而不便干涉。听了这些人的话，感觉到后果是很可怕。特别是戊戌变法的被取缔，造成的一种恐怖的气氛之下，不能不有所顾忌。
庚子年(1900)正月二十六
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