二舰队司令饶怀文为海军总司令，并以林颂庆为第一舰队司令，杜锡珪为第二舰队司令。
七月二十五日段内阁决定，广东省长朱庆澜和广西省长刘承恩对调。朱庆澜以广东自主为理由，拒绝接受这个命令。
广东在当时的西南，是政治和军事中心。段祺瑞深知，丢掉广东，后果是很严重的。
当时北洋派势力已占领了福建和江西，这两省和广东毗连。段打算拿这两省当作进攻广东的跳板，同时从海道运兵在广东沿海地区登陆。
江西督军陈光远是直系，直、皖两系对于向南方用兵意见不一致。段祺瑞想对广东用兵，便只剩下湖南这条路了。
广东内部一直不稳，几种势力明争暗斗。桂系军人陈炳焜是广东督军，自居于统治者地位，但是省长朱庆澜也有兵权，他统率警卫军及地方派军人。
督军和省长对立，桂系军人和广东地方派军人对立。
另外，在北江还有滇军两师兵力驻防，由李烈钧率领，是国民党的基本武力。
广东地方派军人有时和国民党联合以对抗桂系，有时又在南方与北方之间、国民党和桂系之间摇摆不定。
两广是在督军团叛变和国会被解散时宣称“自主”的。北京复辟时，桂系便高喊出兵，不过实际上却没有行动，主要是想借机以统一广东的军权。
驻粤滇军以及朱庆澜所属的警备军也想北伐，但是桂系不肯给予军事装备。李烈钧事后曾指责陆荣廷，说他故意躲在家乡武鸣装病，坐失北伐良机，让段祺瑞重登政坛玩弄一切。
广东的桂系既然是统治者，对于滇军和地方武力是不给军费的，逼得驻防各县的地方军纷纷就地筹饷。
朱庆澜以省长名义发行救国公债，滇军则提印花税甚至扣留鸿安公司的鸦片以充军费。桂系便以此为理由打击滇军和朱庆澜。
桂系所搞的自主，充其量是半独立，甚至是一种投机。对于段祺瑞和冯国璋，他们采取联冯倒段的策略。因为是半独立，对于北京政府的命令便根据自己的需要来决定是否执行。
孙中山到广州后不久，广东督军陈炳焜便赶到梧州，请示陆荣廷如何应对。
陆指示他抗拒孙会惹大反感，当务之急是排斥朱庆澜，把地方武力夺过来。
陈心领神会，返回后即策动肇阳罗镇守使李耀汉驱逐朱，以省长职位饵李。
朱在李耀汉的压迫下向省议会辞职，并要求准予将省长亲军二十营交给陈炯明接管。这批亲军朱是从龙济光手上接收过来的，当时有兵额四十营，接收后编为省长直辖的地方保安部队。其后被陈炳焜分出二十营，余下的编为“省长亲军”，由陈炯明为司令。
朱的想法是把这批亲军改编为海军陆战队，仍以陈炯明为司令，名义上则属于程璧光的海军节制，以免落入桂系手中。
八月二十日朱庆澜把省长大印交给省议会，根本不理睬陈炳焜就去了香港。陈大为愤恨，当天在布告中说他是“私人出走，有心扰乱治安”。
八月二十八日广东省议会选举胡汉民继任省长，省议会选胡的理由是因为胡做过第一任广东都督。
桂系当然持反对态度，陈炳焜派人到省议会抢了省长大印，且以督军命令接收了省长亲军。此前，陈炳焜早已向北京政府保举李耀汉为广东省长。
段内阁看到广东这个宣布自主的省区，能承认北京政府的人事任命大权，自是喜出望外。他巴不得桂系和国民党矛盾激化，唯恐广东天下不乱。
于是，北京政府于八月三十一日,正式命令李耀汉为广东省长兼肇阳罗镇守使。
在国民党来说，当时最重要的工作是召集非常国会，因此自不愿在省长问题上与桂系闹翻，宁愿拿省长来交换桂系对组
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