掌理民政。
民国三年秋任可澄在应蔡锷邀即将赴京时，唐继尧就秘密让他转告蔡锷“袁氏自平宁、赣后（指二次革命），予智自雄，蹂躏国会，蔑弃约法，停止自治，扑灭民党。窥其举动，将不安居于总统，必有盗国之日。蔡公在京，宁能伈伈俔俔，屈伏其下，将来为袁所忌，必遭危险。不如脱身南来，共图大事”。
袁世凯显露出称帝的野心之后，唐继尧在云南暗地准备反袁。民国四年二月，唐继尧分别向粤、湘、桂、川等六省将军及巡按使发出密电，明确表示反对“二十一条”，建议西南各省“秣马厉兵，有备无患”。
“内则调整本省人事”，暗中庇护并启用曾经在江西参加二次革命的被袁世凯敌视的叶荃、黄毓成、赵复祥等人；召因反对袁世凯称帝而闲居在家的罗佩金、顾品珍等复出；用“在外散处之刘云峰、李雁宾、吕志伊、李曰垓、李宗黄等”。
“外则与各方同志密通声息，派人邀约，如蔡锷、李烈钧、程潜、陈强、戴戡、方声涛、熊克武、韩凤楼、但懋辛、王伯群诸公，亦皆久相默契，次第来滇。凡起义前后之军事、政治、饷械、宣抚、游说、联络等，皆赖内外同人分任合作，乃收云龙凤虎集贤成事之效”。
整军方面，当时云南省陆军只有两师，一旦有事不足应付。故除将现有部队加以整顿训练外，自行编警卫两团，以唐继禹、赵世铭分任团长。并借补充之名，招募退伍及新征之兵，以待编组。复选赋闲军官及测量班学员，命于讲武堂补习，以备任使。并以治安为名，密令各县整饬地方团队，以等待时机。
唐继尧就任云南都督后的整军经武，得天时、地利、人和之便。当时国民党二次革命失败，各省的国民党人除了赴国外的，都纷纷入滇，唐继尧一一予以收容，妥为安置。
当时滇省只有两师陆军，第一师长李鸿祥，第二师长谢汝翼。因二人有拒唐回滇的行动，所以唐回滇不久即以汪度接长第一师，顾品珍接长第二师，不久又以张子贞为第一师长，刘祖武为第二师长。一方面加紧训练，同时暗中扩充军队。
有了军队，就要补充械弹。唐返滇不久，曾密向德国定购二百余万军械，不幸因欧战发生，只有一部分启运来华，又被袁世凯侦知截扣。
民国四年春夏间，袁克定筹办模范团，唐继尧即以在滇办模范团为名，向北京参谋次长唐在礼骗取若干械弹。
当年九月初以准备秋操为名，派军需课长缪嘉寿、兵工厂长赵伸赴日本购买军火，赶速于十二月中旬运到云南。
又派吕志伊赴南洋各埠慰问华侨筹募饷款。
袁称帝密锣紧鼓，唐继尧认为必须明了各方真相，乃派刘云峰等赴浙江；吴擎天等赴两广；李植生等赴四川；杨秀灵等赴湖南；李雁宾等回贵州。
九月十一日唐继尧在昆明召集了军界的中坚分子在混成团本部会商，当时大家都认为袁称帝阴谋已显，决定采取三项措施应变（一）积极提倡部下爱国精神；（二）整理武装作战；（三）严守秘密。
十月七日帝制活动愈益见诸行动，十九省赞成帝制的伪电陆续到了云南，唐继尧再度召集军界人士会议，当时又拟定了四个原则和步骤（一）起义讨袁的时间最好在中部各省有一省可望响应时；（二）黔、桂、川三省中有一省可望响应时；（三）海外华侨或国民党接济饷糈时；（西）如上三项均未实现，则云南为争国民人格计，亦愿孤注一掷，宣告独立。
自从云南有不稳的消息后，袁党对云南甚为关注，唐继尧为了减少不必要的阻力，所以伪装顺从；暗中置备饷械，命邓泰中和杨蓁两支队向四川边境移动。
这时，李烈钧到了，李烈钧和蔡锷、唐继尧素有往还，唐继尧听到李烈钧已到了，乃派其弟唐继禹到款洽。
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