葡萄牙白底蓝十字的方形旗帜在总督府降落，扔在了地上，而南洋军的军旗升起，蓝底剑镰旗在总督府前飘扬，意味着葡萄牙人统治的结束，南洋军时代的开始。
因为是和平交接，果阿城市得到了最大的保存，城中大多数建筑都保存完好，大圣堂教堂更是片瓦未坏，只是城外的港口区和码头被摧毁得不成样子，这是被颜思齐两次攻击时造成的，需要花大力气去修补才能恢复使用。
不过话又说回来，没有颜思齐的万两次偷袭加水雷封锁，葡萄牙人远征舰队何至于没有地方落脚，从而转移科伦坡，惨被南洋军偷袭，以致全军覆灭，造成了葡萄牙人在东方的军事势力被连根拔起，米勒看见事不可为，这便投降以求自保。
夺取了果阿，基本清除了葡萄牙人和西班牙人在东方的军事存在，对于南洋军和亚洲人在说，这都意义重大，南洋军为了彰显武力，举行了声浩势大的入城仪式和阅兵式，以纪念这一伟大和风光时刻。
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