时还秉承皇帝的意旨起草诏令，撰述谕旨。
南书房非崇班贵檩、上所亲信者不得入，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令。
它没有专门的官员，军机处没有正式衙署，只有值班房，在隆宗门内，靠近康康帝寝宫养心殿，以便于军机大臣被召见议事。
无专官，无衙署，就使军机处成为一种特殊的机构，召见时，皇帝指示各项事件应如何办理，有时向军机大臣询问情况，听取他们的意见，以作出裁决，军机大臣根据旨意，草拟文书。
米柱成立军机处的最终目的，是为了剥弱内阁的权力，如果能做到像是清宫一样，形成决议上谕后不走内阁，立即以军机处名义下发，这就可以大大加强皇帝的权力。
因为这军机处没有定员没有级品、俸禄，其它官员也不好反对。
孙承宗为军机处领班大臣，另有熊廷弼、袁应泰、米柱、张惟贤等为军机大臣，另设有军机行走十多名。
只有叶向高敏锐意识到，皇帝宠信军机处，权力集中在军机处，其权力就无限放大，绕过内阁，边缘化内阁只是迟早问题。
不过军机处成立，确是大大加强了效率，天亮之时，新任钦差大臣，四省总督亓诗教就率领马队，直奔四川，不搞什么告天祭拜祖庙那一套，而是立即出征，皇帝为他配备了一个营皇家卫队骑兵，三千名黑水卫队骑兵，轻车简从，全速南下，他们将在长江边上，乘船西进，最迟十日之内，扺达四川，主持战事。
米柱送亓诗教出城，亓诗教叹道：“米兄！你确定是这一项优差？”
米柱道：“总督四省军务，手持尚方宝剑，生杀予夺，这不是优差，什么才是？只怕回京之后，大人必定更进一步，米某也高攀不起了。”
亓诗教说道：“瞧你说的，平定奢祟明之乱，没有米兄支持，能成事吗？只是行军打仗，绝非亓某所长，恐有负圣望？”
米柱道：“西南平乱的主力，是皇家卫队、黑水卫队、白杆兵，黑水舰队也会陆续加入，这些武装力量，皇上只会任命信任的人去管，大人的主要任务，是调动四省军力平乱，协调各省抚将之间的关系，压缩叛军的生存空间，剪除隔绝叛军外援，歼灭叛军，战后重建等等！”
亓诗教笑道：“米兄已有腹案？”
米柱道：“这一切，自然是以亓兄为主，本官只是提供一些意见，仅供参考，亓兄有几支精锐在手，自然可以居中调度，运等帷幄，作战计划由皇家卫队第一镇拟订，情报由锦衣卫西南司负责提供，钱粮由军机处负责，亓兄有什么好担心的。”
这么大的支持力度，亓诗教为之宽心。
因为西南战事，米柱决定临时成立锦衣卫西南司，由马尚风和牛欢喜负责，他们两个同时挂锦衣卫指挥佥事衔，负责厂卫在西南几个省的所有业务，这几个省的百户卫所全归他们指挥调度，同时拥有诏狱特权，可以秘密逮捕官员，独立审判，权力极大。
米柱道：“这是本官的令牌和密码本，有此令牌和密码本，亓兄可以动用厂卫在西南所有的人力物力，它会成为亓兄的臂助。”
亓诗教这才确信，米柱是真心帮助他的，连锦衣卫分司都让他调用，这权力大了去了，足可以让他一展所长了。
亓诗教率领马队，迅速南下，有直奔南京，在福建休息的郑芝龙也接到命令，立即率领一支轻型舰队前往南京待命，在与钦差大臣会合之后，沿江西进，协助清剿叛军。
在亓诗教离开京城前，收到重庆第二份战报，马祥麟率领三千精兵入卫重庆，大破叛军于江边，斩杀五千余人，激战两时辰，打退了叛军进攻，与叛军对峙中。
这份战报一出，满朝文武百官为之弹冠相庆，重庆天险，
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