到队友弗兰克·里贝里助攻，攻入一球，其后又助攻队友马西奥·拉斐尔得分。
2013年4月3日克罗斯在拜仁二比零击败尤文图斯的欧冠比赛中受伤，赛后经诊断为左大腿内收肌两条肌肉纤维束撕裂，将无缘2012-2013赛季接下来的比赛。在整个2012-2013赛季中，克罗斯在欧冠联赛中打入三粒进球；而德甲联赛中，克罗斯也是打入了六粒进球，并贡献了八次助攻，从而帮助拜仁慕尼黑一举夺下2012-2013赛季的德甲联赛、欧洲冠军联赛、德国杯和欧洲超级杯四座冠军。
2013年7月15日拜仁慕尼黑按照过去与克罗斯母队罗斯托克达成的协议，双方进行了一场热身赛。此役克罗斯得到了首发，还在对阵旧主的比赛中第一次佩戴上了拜仁慕尼黑的队长袖标。
2013-2014赛季，克罗斯为拜仁慕尼黑共出场二十七次，攻入两粒进球，同时帮助拜仁蝉联了德甲联赛和德国杯的冠军。
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