-2000赛季被租借至皇家马洛卡，其间上场十三场比赛，取得六个进球。1999-2000赛季冬季转会回到皇家马德里，但20002001赛季他以四百四十万英镑正式转会马洛卡，赛季取得十一个进球并帮助马洛卡西甲联赛第三名。2002-03赛季他代表马洛卡打进十四个进球。而2003-04赛季他则打进了十七个进球。在马洛卡期间，一共打进五十四个进球，成为马洛卡队的联赛历史最佳得分手，正式确立了自己西甲优秀前锋的地位。
2004-2005赛季他以两千四百万欧元加盟巴塞罗那，在联赛共射入二十四球，成为锋线主力，并随队获得当赛季的西甲冠军，2004年8月29日萨穆埃尔·埃托奥·菲尔斯在对桑坦德竞技的比赛中上演巴萨处子秀。在04-05赛季夺取西甲冠军后的庆典上，埃托奥高喊“皇马、混蛋、来向冠军致敬“的口号，结果遭到西班牙足协罚款一万两千欧元。
2005-06年球季埃托奥在三十八轮联赛中取得二十六个入球，在卫冕联赛冠军的同时，更获得西甲射手王的称号。2006年欧冠决赛埃托奥先门前制造险情让阿森纳门将莱曼犯规红牌下场，接着在下半场第七十六分钟替巴萨打入扳平的一分，并最终获得了2006年的欧冠冠军。
2006-07赛季在赛季初埃托奥便受了重伤，经过手术后，经历了长达五个月的休养。2007-08赛季虽然巴塞罗那球队成绩不理想，只取得西甲第三名，但埃托奥仍然取得了十三个联赛入球。
2008-09年球季埃托奥在西甲联赛射入三十球，在欧冠决赛再次取得入球，协助球队以二比零击败曼联再次赢得冠军。最终协助巴塞罗那夺得西甲冠军、国王杯冠军和欧洲冠军联赛冠军，为巴塞罗那的三冠王立下汗马功劳。在巴塞罗那，萨穆埃尔·埃托奥·菲尔斯帮助球队夺取了三次西甲冠军、两次欧冠冠军，个人进球达到一百零八个，成为西甲历史上进球最多的非洲球员。
而此时国际米兰则对他发出了邀请，他也随之离开了西班牙，开始了意甲的旅程。
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