方。在协同陆军登陆时，通常担任登陆先遣队，首先突击上岸，保障后续梯队登陆；也可配合陆军继续担负海岸防御任务。
手里有一支现成的力量，赵昺当然不能放过。因此战兵脱离舰船部队，独立成军毫无疑问的势在必行。由此下船的战兵数量将有两万人左右，正好可以编成两个师，但他打算仍将陆战队划归水军司管理，算是其一个分支力量，毕竟他们还需依托水军完成跨海登陆及需要其火力支援，而编制暂时先参照步军进行设置。
解决了水军划分的问题，赵昺面临的是如何对各种战船进行编组。当下琼州水军战船按照吨位大小划分，有百石以下的小船，也有万石的大舟，跨度很大。其中最多的是介于千石至两千石之间的战船最多，其次是五百石至千石的舟船，多数都是缴获的战船或商船通过改造入列，标准也难以统一。
如果按照作战性能划分，既有用于突击作战的龟船，也有专门用于火力打击的火箭船和炮船，还有综合性的大、中型战船及辎重船、运输船、医疗船。另外就是侦察和巡海用的哨船，转运人员的小艇等等专用船只，此外还有自己的巨舟，当然这只是赵昺自己的分法。
这个时代还有名称各异的战船，作战时位于最前列的战船叫“先登”；还有狭而长的冲击敌船的战船“艨艟”；有又轻又快如奔马的赤色快船叫“赤马”；此外，有上下都用双层板的叫“槛”，四面设板防御矢石，其内如牢槛的重武装船。还有主力战舰露栈、冒突、戈船等等。楼船、戈船都是大战船，此外还有号称更大的船，豫章大舡上面起宫殿，可载万人。当然“万人”也许太夸张了，千人还是可以做到的。
赵昺想想还是按照用途划分比较合适，这样即使作战的需要，也便于统一调度和训练。于是他将三千石以上，自持力时间长，并具有远航能力，配备弩炮和火箭发射器，可独立作战的战船称作甲级战船支队。这样既可作为一个编队的旗舰，也可以自行编队进行远海作战。
三千石以下，二千石以上的战船称为乙级战船，这类船战船用途很多，既可以作为运输船，也可以作为火力舰，还可以作为护航之用，是水军的主力战船。于是赵昺将这些中型船和用途相同的两千石一下，千石以上的丙级战船混编成运输支队、火力打击支队。可以根据需要编队进行作战，也可以独立使用。另外赵昺还将龙船编成突击支队，近海巡查支队等。
赵昺计划针对战船功能不同制定相应的训练计划，使用统一的标准和条令进行专业训练，然后通过与其它战船根据任务的不同进行合成演练，从而形成战斗力，作战时就能根据作战形式抽调各种战船组成编队，而不是乌龟、王八一起上的局面。
战船各自编队了，但是也不会都给他们单独建个水寨，赵昺计划将三个水营变成水警区，平时战船依托各个水警区进行训练和驻泊，作战时根据任务从各个水警区抽调战船组成大小不同的分舰队出海，当然船到哪里便要接受这个水警区的管理和指挥。接下来赵昺又对各种战船进行定岗定员，确定职级，以便作战时不会出现混乱，不知道该听谁的……
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