然难以改变体制上存在的问题。而当前宋军最突出的问题是军种和兵种划分不合理，最终带来作战部队与非作战部队比例不合理，战斗人员与非战斗人员比例不合理及官兵比例的不合理，导致资源分配的不合理，从而影响到了战斗力的形成。
另外现行的指挥体制，不仅存在着指挥层级多、指挥链条长的问题，更存在着联合指挥难、联合训练难、联合保障难的突出问题。而军队的管理情况比较特殊，平时大多在和平状态下进行军事演练、后勤管理等项目，一旦进入战时，马上进入作战状态管理，可令出多门就会容易互相干扰，造成效率低下。
再有就是赵昺一直担心的部队兵员区域性现象严重，在成立初期同乡编组于同一部队有利于团结，攻守相携，不会出现什么问题。但是他担心随着壮大容易产生任人唯亲的现象，导致形成新的军事集团，造成政令难通、不服管理，甚至集体贪污腐化，相互包庇的问题。而若一旦产生问题，就会像吕文焕降元一样，导致整个战线的崩溃。
还有一个问题虽然看似遥远，但是赵昺觉的人无远虑必有近忧。当前行朝实际控制的地盘只有琼州这么一个海岛，难分前方和后方，自己可以亲力亲为的统一调度，可一旦发起复国之战，就必然要分成数个军事集团各自进兵，他就难以亲自指挥，就需要设立机构指挥所在地区的兵力，进行全面、有效、协同作战。当下旧的已经失灵，新的尚未建立，皆是将会产生混乱。
赵昺清楚这些问题的存在主要还是当前军事领导指挥体制的不适合，而军队主要的作用就是打仗，可一个部队总要有它的行政管理系统，可是这个系统如果又要管行政，又要管作战，恐怕是忙不过来的。因而又可分为军政和军令两部分，简单的说就是‘军政主训，军令主战’。而这又可分为军令、军政分开的模式，混合模式和军政、军令合一的模式。
在近现代军事强国多采用军令、军政分开的模式。即指挥打仗与平时养兵分开。管指挥打仗的，不管军兵种建设等事项；管养兵的，不参与战时作战指挥。如美军高层领导管理体制即军政系统，主要职能是“养兵”，由元首和国防部长通过军种部统管军队建设，包括制定国防政策、国防预算、兵力规划，负责部队的行政管理、战备训练、武器装备采购等。
在大宋进行军改，赵昺当然不是贸然行事，严格的说也算不上改革，而是改良更为合适。人们都知道宋朝的军队在对外战争中败多胜少，积弊严重，但是在制度上却并非如此，应该说是领先这个时代的，甚至在后世也不算落后，一无是处。
“杯酒释兵权”是人所共知的典故，但大家也知道若只是剥夺了那些宿将的兵权，而没有制度的的建设，依然会有新的军事将领拥兵自重。于是，宋太祖开始改革兵制，调兵、统兵权分离，调兵的不能统兵，统兵的不能调兵，如此就有效地消除了过去藩镇自雄、混乱割据的局面。
“兵符出于枢密，而不得统其众；兵众隶于三衙，而不得专其制。”也就是说枢密院与中书省分权，掌管兵符；“三衙”——殿前都指挥使司、侍卫亲军马军都指挥使司、侍卫亲军步军都指挥使司，分别统帅禁军、骑兵、步兵三个军种；而兵部最可怜了，仅仅负责后勤事务和管理地方的厢军。
在这种体制下，枢密院有调兵之权，却不掌管军队；三衙掌管军队，却无调兵之权；遇有战事，由皇帝任命大臣领兵出征，从而实现了“发兵之权”与“握兵之重”的分离。这样一来赵匡胤以此强化了枢密院之权，用来分兵部之权——也就是削弱了相权，保证了皇帝对军队的完全控制。
当然宋代这样的兵制也不是说没毛病，是以牺牲效率为代价的，宋朝实行过更戍法，规定军队定期更换驻地，而将帅不随军转移，管理军队的不直接带兵打仗，导致“将
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