英联盟上只获得了16强的成绩，败给了阿弘，让很多的粉丝们不满。
于是贾老板在剧场版里面让小智再一次战胜了阿弘，而且没有借用梦幻的力量，借自己真正的实力击败了阿弘，这就瞬间让无数的粉丝们心中舒爽不已。
不信你看电影院里面的那些观众们，看到喷火龙最后听话的击败了阿弘之后，一个个脸上都露出了姨母般的笑容，效果拔群呀！
可惜，小智和梦幻相处的美好时光也就到此为止了，接下来，小智接受到了一封神秘的来信，邀请他前往大海中的一座神秘小道，来参加只有最强的训练师才能够参加的比赛。
对挑战从无畏惧的小智，自然毫不犹豫的答应了邀请，最终小智克服了千辛万苦，成功的穿越了暴风雨，成为了数百名邀请者中，仅有的抵达小岛的四位训练师之一
如果不算顺路的小霞和小刚的话。
哦，还有火箭队三人。
再然后，正当好不容易抵达了小岛的小智等训练师，准备美美的吃一顿美餐的时候，山洞的洞**就忽然飞出了无数的精灵球，将小智等训练师放出来休息的口袋妖怪全部强行夺走了，唯独只有皮卡丘，在小智的拼死营救之下才被救了出来，同时还把所有被精灵球抓走的口袋妖怪也给放了出来。
而此时已经晚了，这些被抓走的口袋妖怪都被复制出了一个复制体，出现在了众人的面前，然后幕后黑手终于露面了，就是那个曾经试图杀死小智的黑影，自称为超梦的口袋妖怪。
从超梦的口中，小智等人终于得知了事情的真相，原来超梦是用梦幻的眼睫毛复制出来的口袋妖怪，而因为制造超梦的火箭队组织，试图制造出世界上最强的口袋妖怪，于是给超梦增加了很多复杂的基因，同时也让超梦的性格变得非常的暴躁与阴暗。
苏醒过来的超梦毁掉了火箭队的基地，但同时又被火箭队的板木老大给控制住了，在被板木老大利用了一阵子之后，超梦就深深的恨上人类，于是他挣脱了板木老大的束缚，来到了这个大海中央的小岛，也是他曾经出生的地方，然后再毁灭人类最杰出的训练师，最后彻底毁掉人类这个恶心的种族。
同时超梦心中还有一个一直困扰着他的疑问，那就是复制品和本尊，究竟谁才是本尊，谁才能够活下来！
于是在超梦的控制下，复制品口袋妖怪和本尊开始战斗了起来，复制品们都想要击杀本尊，然后成为真正的本尊。
而本尊自然要维护自己的存在。
就在所有的口袋妖怪都为了维护自己的存在而战斗的时候，皮卡丘却不走寻常路，它不愿意和它的复制品战斗，于是就出现了口袋妖怪影史上最为著名的一幕，皮卡丘站在原地，任由复制品皮卡丘一巴掌一巴掌的扇在自己的脸上也绝不还手，只是眼含泪光的看着自己的复制品。
这是什么境界，佛的境界呀！
在一口气打了几十个巴掌之后，复制品终于受不了了，它停下了自己愤怒的巴掌，它也同样饱含泪光，然后两个皮卡丘抱在了一起，他们之间的心结终于解开了。
不管复制品还是本尊，从他们诞生那一刻起，就是口袋妖怪了，没有必要为了自己的存在而战斗，大家都是亲如兄弟的一家人。
随着两个皮卡丘战斗的结束，看到这一幕的其他口代妖怪也渐渐的停下了战斗，用复杂的目光看着另一个自己，整个会场变得一片安静，只剩下愤怒的超梦，在空中愤怒着。
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